阵容搭配的核心在于平衡输出、防御和控制能力。快攻型阵容是常见选择，通常将三名忍者布置在同一条路线的前中后排，第四名忍者根据敌方站位灵活调整。这种布阵能集中火力快速击破敌方脆皮单位，但需注意避免与敌方肉盾型忍者正面冲突。保守型阵容则采用2356站位，将忍者集中在四个位置，通过密集站位抵御敌方冲击并寻找反击机会。这两种阵容各有优劣，需根据对手配置灵活选择。
平民玩家可优先考虑SS级忍者的平替方案，例如SS山中井野或SS春野樱作为治疗辅助，SS二尾由木人作为单体输出替代。群体防御推荐SS黑土，AOE伤害则需尽量获取SSS大蛇丸或SSS佐助。过渡阵容可搭配SSS鸣人、SSS我爱罗等较易获取的忍者，通过据点探索和组织商店逐步完善阵容。须注意属性克制关系，合理搭配勇、心、技等不同属性的忍者以触发额外增益效果。
排位战自动战斗机制决定了先手优势的重要性。拥有先攻打断能力的阵容往往能主导战局，建议前排忍者强化免疫追打状态。查克拉管理是关键，风主或恢复型忍者能有效维持奥义释放频率。防守阵容需注重忍者站位密度，通过2356等保守阵型延长战斗回合，迫使敌方前排承受多重打击。若敌方采用核爆队等自闭阵容，可针对性布置水强攻或雷凯队伍在第一回合实施压制。
阵容调整需结合忍者技能特性，例如宇智波佐助适合持续输出，需搭配春野樱等治疗忍者保障生存。控制型忍者如鹿丸应布置在安全位置确保定身效果生效。晓组织成员可激活轮回眼共通效果，但需舍弃地狱道等低效单位。最终阵容强度取决于忍者星级、技能联动和属性克制三维度平衡，建议通过爬塔玩法、限时招募等途径逐步优化阵容深度。
排位战奖励兑换优先考虑忍者碎片和勾玉原石，每日五次挑战机会需用于冲击更高排名。皎月之印积累速度直接影响阵容成型效率，建议定期调整防守阵容减少战败损失。长期玩家应关注组织商店和积分商店的SSS忍者碎片，通过资源规划缩短与氪金玩家的战力差距。
