玩家将跟随哈利·波特的视角体验原著经典剧情，其中包含多个高难度挑战关卡。这些关卡设计紧密贴合原著情节，如密室中的蛇怪对决、摄魂怪围攻、三头犬守卫等，均需要玩家灵活运用卡牌策略和走位技巧。游戏采用即时卡牌对战机制，玩家需根据战场形势快速调整卡组搭配，例如对抗蛇怪时需优先使用呼神护卫等特定咒语卡，而面对摄魂怪群攻则需依赖范围控制技能。部分关卡还存在时间限制或血量保护要求，进一步增加了通关难度。
无名之书副本中的密室开启关卡是典型的高难度挑战，玩家需在限制使用咒语卡的条件下击败伏地魔和蛇怪。推荐携带火螃蟹、小蜘蛛等召唤卡组成人海战术，并利用伙伴卡卡姐快速控制伏地魔。该关卡隐藏机制要求玩家必须拾取分院帽获得格兰芬多宝剑才能有效击杀蛇怪，若错误选择殊死一搏则会触发伏地魔万血狂暴状态。此类设计既还原了原著设定，也对玩家的关卡机制理解能力提出较高要求。
圆月与狼人关卡则考验玩家对保护目标的战术安排。由于禁用伙伴卡且需保护小天狼星存活，建议采用飓风咒、充气咒等控制型卡牌限制狼人行动，配合钻心剜骨等高伤害咒语快速削减敌方血量。该关卡隐藏彩蛋要求玩家阻止小矮星彼得逃跑，需预判其移动路径使用禁锢类技能。关卡中的狼人在血量低于50%时会进入狂暴状态，玩家需保留至少两个控制技能应对突发情况。
游戏后期更新的隐藏彩蛋关卡如海格小屋毒角兽围剿和打人柳挑战进一步提升了策略深度。前者需利用多比回响的位移特性卡地形规避伤害，后者则需掌握BOSS攻击规律进行反制。这些关卡通常附带1200宝石和非凡卡包奖励，但要求玩家对卡组构建、魔力分配和走位时机有精准把控。部分特殊机制如禁止使用不可饶恕咒等设定，也促使玩家开发非主流卡组应对。
哈利波特：魔法觉醒通过多层次的关卡设计，既忠实还原了原著中的经典困境，又赋予其符合游戏性的挑战维度。玩家需持续优化卡组强度、熟悉敌方行为模式，并合理利用场景互动元素才能攻克这些难关。游戏内提供的回响系统、魔药辅助和伙伴协同等机制，为不同风格的玩家提供了多样化的解题思路。
